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   m   m 

  m
 
 m

a DNA eucariótico associado à proteínas é compactado numa

estrutura chamada cromatina, que é composta por pequenas
unidades repetidas chamadas nucleossomos (nucleos de 8
proteínas histônicas - H2A, H2B, H3 e H4- enrolados por DNA)

a Núcleo do nucleossomo regula a acessibilidade ao DNA por outras

macromolécula (como fatores de ligação) Ñ posição desses
nucleossomos fornecem evidencias importantes para a
compreensão do empacotamento da cromatina e regulação
gênica.

a Neste artigo:
Revisão de avanços recentes no mapeamento da posição dos
nucleossomos em todo o genoma, os determinantes moleculares e
estruturais do posicionamento dos nucleossomos e a importância
do posicionamento do nucleossomo
 m

a Nucleossomos e cromatina exercem controle nas seqüências

de DNA e sobre processos como transcrição, replicação,
recombinação e reparo.

a Modificações pós-traducionais na histona, variantes de histona,

enzimas remodeladoras e outras proteínas arquiteturais tem um
papel importante na regulação da cromatina.

a ³Posicionamento do nucleossomo´²ou seja, a probabilidade

de um nucleossomo começar num determinado par de bases²
também tem um papel importante na regulação gênica

a Assim, nucleossomos podem não estar distribuídos

aleatoriamente mas sim posicionados em regiões específicas
por algum motivo.
 m

÷ Posicionamento do nucleossomo pode ser caracterizada através:

1. ³Nucleosome repeat length´ (NRL) ± comprimento médio do

DNA associado com um nucleossomo (DNA nucleossomal e
DNA de ligação). Como comprimento do DNA que circula o
octâmero de histonas é sempre o mesmo, o DNA ligante é o que
varia o NRL
 m

Nucleossomo ³vago´± flutuações na probabilidade de um

nucleossomo se posicionar num locus gênico obtido por uma
série de medições. Nucleossomos posicionados fortemente
se mostram como picos acentuados no mapa de
posicionamento do nucleossomo. Já no posicionamento vago
ou indistinto, a localização do pico se mostra borrada por
causa da deslocação do nucleossomo.
 m

÷ Ycupação do nucleossomo ± presença ou absença de um

nucleossomo numa seqüência específica no genoma, como
sítios de ligação de fatores de transcrição. Difere de
posicionamento de nucleossomo no sentido de que na
ocupação não interessa onde o nucleossomo começa, contanto
que cubra um determinado par de bases.
 m

÷ ³Nucleosome phasing´ ± um agrupamento de posições

repetidas de nucleossomos no DNA sobre certos genes ou
domínios cromossômicos. ³phasing´ do nucleossomo tende a
refletir o NRL mas, ao contrario deste, é ligado a uma
seqüência de DNA específica.
Y
 Y YYY  Y

YY 
Y

÷ Posicionamento global dos nucleossomos

o Varia de espécie para espécie e entre os tecidos, especialmente no

DNA ligante

o Y comprimento do DNA ligante depender da neutralização da

carga in vitro
o in vivo - ele deve depender da atividade transcricional do genoma.
Em organismos pluricelulares o NRL parece refletir mudanças
tecido-específica ou célula-específica
Y
 Y YYY  Y

YY 
Y
o Depende de sua localização cromossomal Ñ quantidade
nucleossomos relacionado diretamente com atividade
transcricional (Escassos no telômero, excessivos no centrômero,
+ em regiões codificantes do gene, - em regiões intergênicas e
não codificantes, como promotores.)

÷ Yu transcrição induz aglomeração de nucleossomos

÷ Yu transcrição requer formação de estruturas nucleossomicas

ordenadas, talvez para aumentar o tempo de permanência da
polimerase em cada sitio afim de obter maior fidelidade

÷ MAS: alguns genes altamente transcritos não tem muitos

nucleossomos, o que abre espaço para mais discussão.
 Y
 Y YYY  Y

YY 
Y
÷ Padrões de posicionamento local
o Promotor aberto:

a´eralmente sem TATA, com ³região exaurida de nucleossomo´ (NDR) à

montante (upstream) do ³sitio de inicio transcricional´ (TSS).

aA extremidade +1 do nucleossomo tende a se posicionar no TSS

a Y padrão dos nucleossomos a montante do TSS perde periodicidade

rapidamente

aA ocupação média de nucleossomo é freqüentemente mais alta a jusante

do TSS (dentro do gene) quando comparado a regiões intergênicas a
montante

aYs nucleossomos perto de TSS geralmente contem a variante H2A.Z ao

invés da histona H2A
Y
 Y YYY  Y

YY 
Y
o Promotores fechados:

a Sem uma assinatura NDR clara, mas completamente ocupado por

nucleossomos ou tendo uma taxa de ocupação crescente a jusante de
TSS;

a´eralmente com TATA-box;

aY TSS e a maioria do sítios de ligação a ativadores transcricionais estão

ocupados e um sitio (ou DNA de ligação ou no DNA nucleossomal perto
da entrada /saída) está exposto;

aExemplo: promotor PHY .

Y
 Y YYY  Y

YY 
Y

o 'inalizadores transcricionais: padrão de posicionamento no

sitio do finalizador 3¶ dos genes, que é ocupado por
nucleossomo seguido por NDR na região intergênica a
jusante.

o Isoladores de cromatina: seqüências de DNA que segregam

sítios genomicos vizinhos . Podem desconectar um
promotor do acentuador próximo ou separar domínios
reprimidos de domínios ativos

÷ CTC' é uma proteína de ligação a isoladores que é

essencial para atividade de isolação, tendo um papel
importante na organização estrutural e espacial no núcleo
interfásico.
YY Y YYY  Y

YY 
Y

÷ Efeitos da sequencia do DNA

In vitro ± posicionamento de nucleossomos
pode ser baseada apenas na seqüência de
DNA
In vivo ± ainda não é claro o quanto a
seqüência de DNA influencia

o DNA sequence bendability:

a Preferência nucleossomica por seqüência DNA: mecânica dependente
da seqüência do DNA
a Seqüências mais favoráveis:
a AA/TT/AT: permite expansão do sulco maior
a Dicnucleotideos ´C em intervalos de 10pb: permite contração

= facilitar forte dobramento do DNA no nucleossomo

YY Y YYY  Y

YY 
Y
´rupos de Widom e Pugh ± propõem a existência de um código de
posicionamento de nucleossomos no DNA
MAS apenas uma fração do posicionamento de nucleossomos é
intrinsecamente devido a seqüência

Trifonov et al ± forte seqüência de posicionamento a cada 4

nucleossomos em partes do genoma humano
Ñ Analogia com estacionamento

Seqüência de DNA codifica a presença de nucleossomos nas

posições ± 1 e + 1 do promotor, na abstenção de nucleossomos na
região NDR do promotor e no posicionamento da terminação 3¶ do
nucleossomo
Seqüência de DNA parece não codificar posicionamento para regiões
codificantes
YY Y YYY  Y

YY 
Y

³Linker histone binding´:

a A seqüência de DNA pode ³aprisionar´ ou ³reprimir´ o
posicionamento ³linker histone binding´

aIsso sugere que a seqüência de DNA ligante pode mediar

³linker histone binding´ e determinar os limites do
núcleo/ligador

a Previsões do posicionamento do nucleossomo precisam

levar em conta tais padrões adicionais nos limites
nucleossomos para posicionamento adequado dos
nucleossomos no genoma
YY Y YYY  Y

YY 
Y
÷ 'orças físicas do posicionamento
o Posicionamento estatístico:
³Phasing´ de nucleossomo observado em genes é ordenado
pelos princípios estatísticos de posicionamento;
A presença de uma barreira física restringe a posição do
nucleossomo vizinho, que por sua vez age como uma barreira
para o próximo nucleossomo, começando assim uma cadeia de
restrições de posicionamento que diminui com o distanciamento
da barreira original

o Ligação da polimerase:
³Phasing´ do nucleossomo a jusante do nucleossomo +1
nucleossomo no TSS é relacionado com a iniciação transcricional
e ligação de polimerase
YY Y YYY  Y

YY 
Y
o Empacotamento de nucleossomo e restrição de interações:
- Y dobramento tridimensional da fibra de cromatina também impõe
restrições nas posições que permitem nucleossomos
- Posições de nucleossomos que levaria à sobreposição
no espaço 3D não seria favorecido no espaço 1D.
- Interações de atração internucleossomais mediadas pelas caudas das
histonas e interações repulsivas entre o DNA no nucleossomo também
influencia o arranjo 3D (e também o 1D) dos nucleossomos.
YY Y YYY  Y

YY 
Y

o Interações com os fatores de transcrição:

- Proteínas associadas ao DNA (como fatores de transcrição)

podem competir com nucleossomos pelos sítios de ligação.

- Muitos sítios de ligação a fatores de transcrição são

encontrados nas regiões exauridas de nucleossomo como o
DNA de ligação
 YY Y YYY  Y

YY 
Y
÷ Ação enzimática
o Remodeladores de cromatina:
Remodeladores SWI/SN' ± disruptivos e pode deslizar ou expulsar
nucleossomos. Possuem papel importante na ativação do promotor.
Remodeladores ISWI - não são disruptivos e estão envolvidos no posicionamento
dos nucleossomos.
o Variantes de histonas e modificações pós-traducionais
Modificações pós-traducionais podem alterar a interação entre DNA e histonas para
modificar a preferência por seqüência de DNA pelo nucleossomo, alterar
³nucleosome repeat lengths´, a interação entre os complexos remodeladores de
cromatina e com outras proteínas arquiteturais.
Substituição de histonas importantes por variante que modulam as interações
DNA/histonas e alteram a interação internucleossomal também pode afetar o
posicionamento de nucleossomos
Metilação de DNA pode alterar a preferência do nucleossomo por certas seqüência,
pois pode diminuir o dobramento do DNA.

Y  Y YYY  Y

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YYY
Y
 
Distribuição especifica de nucleossomos próximas a promotores de
gene: em todo genoma, em vários organismos = grande importancia
Ñ Contribuir com a reunião da maquinaria transcricional no promotor

÷ Posicionamento do nucleossomo em promotores ocupados

Promotores estão quase ou completamente ocupados com
nucleossomos.
Como isso reduz o risco de transcrição irregulada, promotores
repletos de nucleossomos estão associados com gene que
requerem uma regulação rigorosa
Taxa de transcrição é inversamente proporcional com a ocupação
de nucleossomos
Y propósito do posicionamento do nucleossomo em promotores
fechados em genes altamente regulados é impedir a ligação de
T'

Y  Y YYY  Y

YY 
Y  

YYY
Y
 
÷ Posicionamento dos nucleossomos em promotores abertos
a ´eralmente associados com genes constitutivos que não necessitam
de regulação tão rigorosa, podendo ter sítios de ligação T'
disponíveis permanentemente
a Não possuem TATA
a A taxa de transcrição é diretamente proporcional a ocupação por
nucleossomos.
a Ybjetivo principal Ñ produzir um NDR que facilite o reconhecimento e
ligação das seqüências do promotor pelos T's para transcrição
a Y sítio 3¶ de terminação trascricional de vários genes também contem
nucleossomos bem posicionados seguidos por um NDR.
a Pode ser que o NDR seja necessário para facilitar a desmontagem da
maquinaria da polimerase

Y  Y YYY  Y

YY 
Y  

YYY
Y
 

÷ Padrões nas modificações das histonas e variantes de histona

nos promotores

o Ys nucleossomos do promotor também são afetado por

modificações pos-traducionais como metilação da lisina 4
da cauda de H3 e múltiplas acetilações de lisina;
o A modificação do nucleossomo +1 garante que essas
modificações nucleossomo forneçam plataformas de
ligação para T's necessárias para ativação da transcrição
o A variante de histona H2A.Z está associada com o
posicionamento de nucleossomos
o Quando comparado com H2A, a variante H2A.Z promove
compactação dos nucleossomos na mesma fibra, mas inibe
a interação de nucleossomos entre as fibras , mantendo
assim a matriz de nucleossomos em
um estado dinâmico compacto

Y  Y YYY  Y

YY 
Y  
YYY
Y
 
÷ Dinâmica do posicionamento dos nucleossomos sobre ativação ou
repressão do gene
o Ativação ou repressão de um gene dá inicio a mudanças perceptiveis no
posicionamento nucleossomal.
o Nucleossomos são ³expulsos´ de genes ativados e são alocados em genes
reprimidos
o MAS mudanças no posicionamento nucleossomal é restrito a apenas alguns
nucleossomos.
o Y deslocamento do nucleossomo de sua posição inicial no TSS para algumas
posições a jusante também está associado a ativação de um gene
o Algumas vezes há mudanças no posicionamento de nucleossomos mesmo
quando o estado do gene permanece igual, possivelmente se preparando para
processos futuros
o Há uma maior ³rotatividade´ de nucleossomos em regiões promotoras e menos
em regiões codificantes.
o Essa alta rotatividade promove ³phased´ nucleossomos Ñ dinâmico dos
nucleossomos nos promotores é regida por um mecanismo preciso
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YY  Y
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 Y 

 Y
 
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÷ Efeito das variações rotacionais locais

o 'ibras de cromatina parcialmente dobradas:

Ybservadas durante a interfase, tem uma conformação em zigzag com
DNAs de ligação relativamente retos
Ligação de ³linker histones´ estabiliza essa confirmação
Ñ As posições nucleossomais são um dos principais determinantes da
estrutura da cromatina.
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YY  Y
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YYY  
 Y 

 Y
 
Y
÷ 'ibras de cromatina completamente dobradas:
o Não está claro a configuração do DNA de ligação nesses casos
o Alguns modelos se baseiam em DNA de ligações retas, outros em DNA
de ligação super-helicoidizada (levando a arranjos solenóides), mas
todos assumem que o espaçamento entre nucleossomos é regular
o Espaçamento irregular não possibilitaria tamanha condensação ?
o MAS alguns resultados sugerem que o DNA ligante tem flexibilidade
suficiente para absorver pequena variabilidade entre os nucleossomos
vizinhos.
o Analises computacionais revelam um maior variabilidade3
conformacional no angulo do DNA de ligação que combina traços da
organização zigzag e da solenóide
o A estrutura da fibra de cromatina parece ter uma capacidade intrínseca
de incorporar variabilidade conformacional dos DNA de ligação sem que
isso afete a arquitetura da fibra
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Y
YY  Y
Y
YYY  
 Y 

 Y
 
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÷ Efeito do ³Nucleosome Repeat Length´ (NRL)

o Diferenças no NRL em dezenas de nucleotídeos influenciam a

morfologia e a compactação da cromatina
o Há aumento no diâmetro da cromatina de ~33 nm para cromatina com
DNA de ligação de medindo 30-60 bp para ~42 nm DNA de ligação
medindo 70-90 bp.
o Y comprimento do DNA de ligação também ordena se a histona
ligação é necessária para maior compactação ou não
o Cromatina que possui maior DNA de ligação requer histona de
ligação para compactação
o A cromatina com DNA de ligação mais longo é geralmente menos
ativo transcricionalmente (talvez pela função repressiva da histona
de ligação)
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Y
YY  Y
Y
YYY  
 Y 

 Y
 
Y

o Histonas de ligação também podem facilitar a compactação da

fibra de cromatina através de auto-associação, que pode
apresentar um nível adicional de compactação da cromatina
de ordem superior
o os genes que não são mais necessárias pela célula poderiam
ser globalmente alterados pela organização do seu
nucleossomos em repetições uniformes através da ação
dessas enzimas, sem muita dependência na seqüência de
DNA.
o A ativação dos genes poderia ser auxiliado através da ruptura
nucleossomo local, medida por outra classe de enzimas
remodelação, SWI / SN', cuja função é desorganizar a
estrutura da cromatina de forma gene-específica