Marcadores Moleculares

Clase 2
Rasgos de un gen
 Rasgos controlados por Leyes Mendel

 Morfológicos
 Clases Discretas
 Dominantes usualmente (codominantes)
 Color Flores
 Pubescencia
Marcadores Moleculares
 Isoenzimas, RFLP, AFLP, RAPD,
microsatélites (SSR), ISSR, SSR, etc.

 Codominantes y Dominantes

 ¿Cuál escoger?

 Depende de la pregunta
Criterios de Selección
 Pregunta Original

 Dificultad (Experiencia)

 Costos ($, ¢)
Criterios (Reales)
 Muestra aleatoria del genoma

 Variación controlada por un solo gen

 Substituciones detectables

 Alelos detectables

 Invariable con el ambiente

Isoenzimas
 Formas alternas de la misma enzima
que varían en tamaño o carga
 Migran a diferente velocidad en matriz
coloidal
Isoenzimas
 Enzimas específicas se tiñen usando
sustrato, coenzimas y tintes que cambian de
color con la actividad enzimática

 Enzimas metabólicas
Isoenzimas
 Usos:
 Medir diversidad genética
 Distribución de diversidad genética
 Estructura clonal
 Sistemas de apareamiento

 Flujo génico
Isoenzimas
 Ventajas:  Desventajas
 Bajos costos iniciales  Número de loci es
y muestra medio (15-30)
 Muchos reactivos
 Muchos individuos se para diferentes loci
pueden analizar
simultáneamente  Nivel de polimorfismo
es bajo en algunas
 Co-dominante especies

 Muchos estudios para  Bajo número de

comparar alelos

 Costos preparación
muestra alto
Variación en ADN
 Marcadores Dominantes/Recesivos
 RAPD: ADN polimórfico amplificado al
azar
 AFLP: Polimorfismos en la longitud de
fragmentos amplificados
 ISSR: Réplicas simples de secuencias
internas

 Presencia/Ausencia de Bandas
RAPD
 Secuencias
amplificadas al azar

 “Iniciadores” cortos
8-12 bp

 Caracteriza
Presencia Ausencia
de bandas
(fingerprinting)
RAPD
 Usos:
 Caracterizar Diversidad Genética
 Distribución de Div. Gen.
 Filogenia (mala)
 Filogeografía (Mala)
 Flujo génico (Indirecto)
RAPD
 Ventajas  Desventajas
 No requiere  No se sabe qué se
conocimiento previo está amplificando
de especie  Bajar reproducibilidad
 Afectado por
 Costos muy bajos condiciones de PCR
(Taq)
 Dominante no
 Muchos genes permite estudio HWE

 Alto nivel de  Diversidad genética

polimorfismo subestimada
 AFLP

 Amplificación de
fragmentos
digeridos con
adaptadores
específicos

 Mismos usos que

RAPD
 QTL
 Segregantes
 Filogenia (mejor)
AFLP
 Ventajas  Desventajas
 Mismas que RAPD  Mayor costo que
RAPD
 Mayor dificultad en
 Mayor
laboratorio
reproducibilidad
que RAPD  Patrones no
siempre son claros
 Mayor resolución
 Dominante-recesivo
Variación en ADN
 Marcadores Co-dominantes
 RFLP: Polimorfismo en longitud de
fragmentos de restricción

 SSR: Réplicas de secuencias pequeñas

(Microsatélites)

 SNP: Polimorfismos de un único

nucleótido
 RFLP
 Muestrea secciones
específicas del
genoma (cpDNA,
mtDNA, gDNA)

 Secciones
específicas después
de amplificación

 Corta por
endonucleasas

 Separa fragmentos
en electroforesis
RFLP
 Aplicaciones
 Diversidad genética
 Estructura poblacional y clonal
 Reconstruye filogenia
RFLP
 Ventajas  Desventajas
 Determina  Altos costos de
diferencias en inicio y operación
secuencias
 Requiere mucho
 Altos niveles de tiempo
polimorfismo
 Conocimiento
 Se pueden hacer previo de
árboles secuencias
filogenéticos
Microsatélites (SSR)
 Unidades repetidas de ADN que consisten de 2 a 4
nucleótidos
 Localizan aleatoriamente en los cromosomas y
organelas
 Se estudia variación en número de copias
Microsatélites
 Usos:
 Diversidad genética
 Estructura poblacional y clonal
 Paternidad
 Flujo génico
 Estructura genética dentro de
poblaciones
Microsatélites
 Ventajas  Desventajas
 Altamente  Costos de
polimórficos desarrollo muy
 Preparación de altos
muestra fácil  Costo por muestra
 Muchos alelos mediano
 PE  Difícil transferencia
congéneres
 Muchos alelos nulos
 Alta tasa de
mutación
 Inestabilidad
 Comparación Técnicas Moleculares

Técnica Estructura Estructura Similitud Sist. Filogenia

Pob Clonal Reproductivos
Isoenzimas ++++ ++(+) +++ +++ +

RAPD ++ +++ ++ +++ ++

AFLP +++ +++ +++ +++ ++

RFLP +++ ++ ++ ++ ++++

SSR ++++ ++++ ++(+) ++++ +

Secuenciación + + ++ + ++++
 Costos Aproximados

Technique Equipment Start-up Sample Time Overall

Allozymes $ $$$ $ $ $$

RAPD’s $$ $$ $$ $$ $$

AFLP’s $$ $$ $$ $$ $$

RFLP’s $$$ $$$ $$$ $$ $$$

SSR’s $$$ $$$$ $$ $$ $$$$